威海卫所博物馆，以历史发展的时间顺序为脉络，以倭寇形成的时代背景为切入点，旨在通过一系列完善的海防体制、军备体制等建设讲述威海卫所的由来和历史进程，展现威海卫所在保家卫国、抵御外侵等事件中所起的重要作用，以及清朝威海卫军港对卫所制度的职责的延续，诠释其对后世海防建设的深远影响以及所形成的辉煌的海防文化。